发完饷银，趁着士兵们兴高采烈之时，朱升宣布对大军进行整编。
三万大军被整编为新编第一镇，最高指挥称总制，暂时由李邦华充任，负责整编工作。第一镇下设两个协，最高军官称协统，分别由唐通、白广恩担任。每个协设四個标，每个标设四个营，每个营设四个队。
队长以上的军官，根据先前登记的军官名录，根据其资历和能力，选拔任用，少数从新编第一营中调任。
确定军官人选之后，再按照名录组建一个个队，队以下小队长、什长干部人选，则有各队里士兵们自行推举能服众者。
这个过程说起来简单，具体实施则非常的繁琐麻烦，既要考虑到原先军官们的感受，又要挑选能力出众者任职，稍有不慎就会出大问题，便是朱升自己面对这样繁琐的工作也感到头疼无比。
好在李邦华经验极其丰富，其在崇祯元年时便担任兵部右侍郎负责整顿京营，整顿效果非常明显。当时京营情况非常复杂，吃空饷、占役、虚冒现象非常严重，勋贵们占有京营战马，肆意役使兵卒，简直把京营当做自家仆役，整个京营十多万名额，能拉出去打仗的士兵不足两万。
经过李邦华一番整顿后，京营缺额被补上，占用的战马也都被勒令归还，占役、虚冒情况遭到严厉打击，李邦华对京营进行了重新整编，军队战斗力明显上升。只是在整编中得罪了太多勋贵官员，遭到疯狂弹劾，才被罢官，而京营整顿工作也功亏一篑。
眼下这三万人皆是从山海关撤下来的败兵，已经失去了根基之地，士气更是非常低落，原本军官很多都跟着吴三桂投降了满清，对李邦华来说比整顿起来比京营轻松太多了。
专业的事情交给专业的人去做，确定了大的方向后，朱升便把整编工作都交给了李邦华。
当然朱升自己也不是为了躲清闲，他有更重要的事情要做，就是建设大同会组织，在三万官兵中发展大同会会员。
首先要做的是宣传大同会思想。既然和大顺结盟，“锄强扶弱，反顺复明”的口号自然被废除了，取而代之的口号则是“驱逐鞑虏，天下大同”。
朱升亲自编写了一个小册子，以通俗的语言解释了大同思想，核心是“天下为公，选贤与能，讲信修睦”，并重点强调当前阶段建奴是华夏之大敌。
“天下非朕一人之天下，而是天下人之天下，朕不过作为首领统领万方。若有一天朕失德，天下人可以群起而逐之。”
在册子中，朱升如是道，把君权神授直接给废了，因为作为穿越者的他清楚，愚民并不能保证大明江山万世一统。华夏的百姓其实早就不相信君权神授那一套，他们更相信“王侯将相宁有种乎”。
事实上君权神授这套忠君思想连大部分儒家弟子都不相信，要不然儒学讲忠君，却为何这么多信奉儒学的官员都争着抢着投降大顺、投降建奴？作为圣人后裔的曲阜孔家，更是世修降表。
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