大明和大顺结盟之后，朱升在离开北京之前，曾往南京派出使者，向南京群臣宣告“崇祯”皇帝回归的消息。
时间过去了半个多月，使者总算回来了，带回了南京方面的消息，却是福王朱由崧已经登基称帝。
在使者的讲述中，朱升和众臣终于了解了最近一段时间南京发生的事情，其复杂曲折程度，竟丝毫不亚于北方的局势！
三月份，顺贼围城之后，南北消息便已经断绝，南京方面接收到的最后一份来自北京的消息，便是崇祯皇帝颁发的勤王诏书。
南京是大明留都，有着和北京一样的六部衙门，衙门长官的品级也和北京一模一样，只是没什么实权而已。
而南京权力最大的有三个人，一個是南京兵部尚书，一个是南京镇守太监，再就是只有勋贵才能担任的南京守备。而三人中以南京兵部尚书为首，而此时的南京兵部尚书是史可法。
接到勤王诏书之后，史可法便立刻集结南方兵力，并亲自带兵准备前往北京勤王。谁知道刚过长江，便传来了北京陷落的消息，史可法便停下脚步返回了南京。
北京陷落，崇祯皇帝和三个皇子下落不明，大明立刻便处在群龙无首状态。
开始的时候还有崇祯已经走海路南下的消息，史可法兴奋的准备派人前去迎接。谁知道很快又有消息传来，说崇祯皇帝和三个皇子已经被顺贼俘虏，崇祯还被李自成封为了宋王。
国不可一日无主，既然皇帝被俘，接下来能做的只有拥立新君了。什么？崇祯还活着？那不重要。被俘的皇帝已经不再是皇帝了，早前被蒙古人俘虏的英宗便是先例。明英宗还在也先那里看蒙古姑娘跳舞，于谦等大臣已经拥立了英宗的弟弟登上了皇位。
有先例在，拥立新君谁也说不出什么来。但有一个问题是，崇祯没了兄弟，他唯一的哥哥天启帝已经驾崩了，要不然也轮不到他坐皇位。
没有亲兄弟，三个儿子也同崇祯一起被顺贼俘虏，这下南京群臣做了难，该拥立谁做皇帝呢？
按照血脉伦序，和崇祯血缘最近的是他爷爷万历帝的子孙，还活着的有福王朱由崧，惠王朱常润，和桂王朱常瀛。而血脉较近的还有万历兄弟的儿子，比如潞王朱常淓。
按照伦序，首先要考虑的自然是福王、惠王和桂王这三人，而其中又以福藩居长。
按照封建伦序观念，理应拥立福王朱由崧为天子。所以包括淮扬巡抚路振飞在内的一些大臣都主张拥立福王。
但是作为诸大臣之首的史可法却犹豫了，因为江南士绅的代表，东林党人因为万历年间和福藩的旧怨都反对立朱由崧为天子。
万历年间，因为储位之争，以东林党为代表的文官和福王朱常洵的母亲万贵妃展开了一系列的斗争，从而引发了著名的万历三大案：梃击案、红丸案和移宫案。
可以说东林党人和福藩有着深仇大恨，生怕朱由崧登基后会遭到清算。
为此，东林党党魁钱谦益两次从老家常熟跑到南京，聚众商议反对立朱由崧为天子，甚至反对立万历的子孙，主张立潞王朱常淓。
史可法也是东林党的一员，自然受到了影响，对福王朱由崧有着深深的忌惮，但他同时认为应该按照伦序立万历的子孙。
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